Zmeny vo vnútroštátnej diaľkovej doprave
V novom grafikone vlakovej doprave na rok 2009/2010 vlaky InterCity a rýchliky budú mať skrátený jazdný čas cca o 10 až 15 minút. Zlepší sa prípojovosť vlakov - v Bratislave budú prípoje vlakov z Košíc a Žiliny na vlaky do Břeclovi a Prahy, vlaky z Budapešti do Bratislavy budú mať prípoje v Bratislave do Žiliny a Košíc. Rýchliky Bratislava – Žilina – Košice budú jazdiť v pravidelných dvojhodinových intervaloch a v železničných staniciach Bratislava, Púchov, Žilina, Vrútky a Košice budú prípoje na regionálne vlaky. Od 3.28 h do 8.28 h pôjdu z Trenčína do Bratislavy vlaky v hodinovom takte. Zo Žiliny do Košíc bude jazdiť nový rýchlik Lomnica a pribudne nový nočný rýchlik Domaša z Bratislavy cez Prešov do Humenného. Skvalitní sa preprava z Košíc do Humenného, kde budú jazdiť klimatizované zrýchlené vlaky.
Zmeny v medzištátnej diaľkovej doprave
Po dohode s Českými dráhami Pendolíno nebude jazdiť do Bratislavy. Pre cestujúcich zo Slovenska je pozitívna správa, pretože Pendolíno nahradí Slovenská strela, ktorá je ekonomicky výhodnejšia, poklesne cena cestovného na tejto trase, keďže už nebude príplatok, ani povinná miestenka, cestujúci zaplatia obyčajné cestovné ako v ostatných vlakoch. Navyše dva vozne Slovenskej strely budú jazdiť nielen do Prahy, ale až do Berlína. Na trati Bratislava – Břeclav pribudnú 3 nové páry rýchlikov. Cestovný čas priameho lôžkového vozňa z Banskej Bystrice do Prahy sa skráti o 2 hodiny. V smere Žilina – Čadca – Ostrava budú jazdiť expresné vlaky v dvojhodinovom takte. Predĺži sa trasa vlaku EC Moravia, ktorý v súčasnosti jazdí z Bohumína do Bratislavy, v novom grafikone bude jazdiť až do Nových Zámkov.
V úseku Bratislava Petržalka - Wien Südbhf budú vlaky jazdiť každú hodinu, v soboty, nedele a štátne sviatky každé dve hodiny. Medzi Slovenskom a Rakúskom bude v novom cestovnom poriadku jazdiť denne priemerne 37 párov vlakov. Z toho 16 párov vlakov bude jazdiť cez pohraničnú prechodovú stanicu Marchegg do železničnej stanice Wien Südbahnhof, 21 párov vlakov zo železničnej stanice Bratislava Petržalka do Wien Südbahnhof a 1 pár vlakov z Bratislavy Petržalky do železničnej stanice Wien Meidling.
Pre rozsiahlu prestavbu železničnej stanice Viedeň Sudbahnof, vlaky InterCity 405 už nebudú jazdiť až do Viedne (3 páry vlakov – pôvodne IC 404/405 Tatran, IC 402/403 Šariš, IC 400/407 Donau), ale ukončia svoju cestu v Bratislave. Zrušené budú všetky vlaky na trase Bratislava – Gänserndorf (8 párov vlakov, ktoré zabezpečovali rakúske železnice podľa dohody so ZSSK ako reciprocita za IC vlaky, ktoré jazdili do Viedne).
V zmysle medzinárodnej dohody s maďarskými železnicami budú zrušené všetky osobné vlaky do Maďarska cez hraničný priechod Lenartovce – Bánréve (2 páry vlakov) a Čaňa – Hidasnémeti (2 páry vlakov).